Sebagai suatu instansi pendidikan, SMP Negeri 2 Sleman memiliki susunan pejabat pengelola atau struktur organisasi. Berikut ini adalah susunan pejabat pengelola SMP Negeri 2 Sleman :
| 1. | Pengawas Sekolah | : | Moh. Afif, S.Pd.,M.Pd. |
| 2. | Komite Sekolah | : | Aditya Nawanto, ST. |
| 3. | Kepala Sekolah | : | Sihnarman, S.Pd.,M.Pd. |
| 4 | Wakil Kepala Sekolah | : | Anwar Hidayat Taufik, S.Pd. |
| 5. | Koordinator Kurikulum | : | Sri Wahyuningsih, S.Kom. |
| Anggota | : | 1. Dion Wahyu Widayat, S.Pd. | |
| 2. Azet Nurahmah, S.Pd. | |||
| 6. | Koordinator Sarpras | : | Drs. Sunardi |
| 7. | Koordinator Kesiswaan | : | Merita Wulansari, S.Pd. |
| Anggota | ; | 1. Destiana Puji Astuti, S.Pd. | |
| 2. Muhammad Imron, S.Pd. | |||
| 8. | Koordinator Humas | : | Endah Sri Winarni, S.Ag., M.S.I |
| Anggota | : | Erni Setyani, S.Pd.,M.M. |